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http://inaoe.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1009/1597| Arquitectura hardware para la aceleración de ensamble de secuencias de ADN | |
| Roberto Hernandez Munive | |
| CLAUDIA FEREGRINO URIBE | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución-NoComercial-SinDerivadas | |
| Field programmable gate array's Burrows-Wheeler Transformation ADN Assemble FM-Index | |
| En años recientes se ha incrementado significativamente la digitalización de genomas gracias a las nuevas tecnologías de secuenciación; sin embargo, los datos generados por estas herramientas han superado la capacidad de las tecnologías de procesamiento y el almacenamiento, por estos motivos, se han desarrollado nuevos métodos y herramientas de análisis. La importancia del análisis de los genomas abarca desde el estudio de organismos de los cuáles no se ha obtenido su genoma completo debido a su gran tamaño, hasta el desarrollo de medicamentos personalizados. En esta investigación, se exploran las metodologías utilizadas para realizar la tarea de ensamble de secuencias de ADN. Con base en la gran cantidad de datos disponible se seleccionan las metodologías y algoritmos que permitan obtener resultados en un tiempo aceptable, de acuerdo a los requerimientos de los datos. En la tarea de ensamble de secuencias de ADN hay tres enfoques principales: probabilista, procesamiento digital de señales y la transformación Burrows-Wheeler (BWT). Este último enfoque es el más utilizado debido a que permite el ordenamiento reversible de los datos, facilitando la búsqueda de patrones y la mejora de la compresión. El objetivo principal de esta investigación es el diseño de una arquitectura hardware para acelerar el ensamble de secuencias de ADN. Se propone una estrategia de preprocesamiento para reducir el costo computacional del cálculo de una única cadena BWT mediante múltiples cadenas BWT. El cálculo de esta cadena BWT, a partir de secuencias de ADN sin procesamiento o transformadas en cadenas BWT, ayuda a la creación del índice-FM, que permite agilizar la búsqueda de patrones mediante los cuales se forman los grafos de ensamble. Para validar la arquitectura propuesta se realiza su implementación y comparación de resultados contra las implementaciones en software, demostrando un incremento significativo en la velocidad de procesamiento. | |
| Instituto Nacional de Astrofísica, Óptica y Electrónica | |
| 2018-02 | |
| Tesis de maestría | |
| Español | |
| Estudiantes Investigadores Público en general | |
| Hernández Munive, R., (2018), Arquitectura hardware para la aceleración de ensamble de secuencias de ADN, Tesis de Maestría, Instituto Nacional de Astrofísica, Óptica y Electrónica | |
| LENGUAJES DE PROGRAMACIÓN | |
| Versión aceptada | |
| acceptedVersion - Versión aceptada | |
| Aparece en las colecciones: | Maestría en Ciencias Computacionales |
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