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http://inaoe.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1009/2508| Detección de Bandas de Proteínas de Interés Biológico en Geles de Poliacrilamida | |
| JORGE JAIME JUÁREZ LUCERO | |
| Leopoldo Altamirano ANABEL SOCORRO SANCHEZ SANCHEZ | |
| Acceso Abierto | |
| Atribución-NoComercial-SinDerivadas | |
| Image analysis poliacrilamide gel image perfil protein purifications | |
| La sobre expresión de la proteína GPN está relacionada con el incremento del cáncer de mama ductal y lobular invasivo (CDI y CLI) tipo HER2+, se ha propuesto su uso como biomarcador para emplearla como método de diagnóstico de la enfermedad. Sin embargo, los análisis solamente pueden realizarse por técnicas moleculares. El método más simple para detectar la presencia de proteínas es buscarlas en un gel de poliacrilamida (SDS-PAGE), pero las técnicas actuales aplicadas a las imágenes de los geles no permiten detectar las muestras ni las proteínas presentes sin ayuda del experimentador. Tampoco existen bases de datos de imágenes de geles de GPN que permitan identificar sus diferentes niveles de sobre expresión, por lo que se desarrolló una metodología que utilizó las diferentes fuerzas químicas que existen en las proteínas y mantuvo la GPN soluble y con una elevada pureza que permitió emular dichas muestras para conseguir las imágenes de geles SDS-PAGE. Se propuso una nueva metodología denominada Perfil de Imagen Basado en Segmentación de Imágenes Binarias (PIBSIB) que, empleando una máscara binaria, de tamaño de 1x400 pixeles para estudiar muestras o de tamaño de 1x50 pixeles si se buscan proteínas, binarizó y obtuvo el valor de intensidad del pixel de la posición 255, después de recorrer toda la imagen generó un arreglo que al ser graficado produjo un nuevo perfil de imagen. Los mínimos de este nuevo perfil se relacionaron con el número de muestras presentes y los máximos detectaron la cantidad de proteínas presentes, con ello, de forma automática se encontró el peso molecular de las proteínas junto con la de menor y mayor sobre expresión en las diferentes muestras. The GPN protein over expression is related with increase of breast cancer invasive ductal and invasive lobular (IDC and ILC) HER2+ type, Its use as a biomarker has been proposed as a method of diagnosis of the cancer disease. However, analysis can only be performed by molecular techniques. The simplest method to detect the presence of proteins is to look for them using a polyacrylamide gel (SDS-PAGE), but current techniques applied to gel images do not allow detection of the samples or the proteins present without the help of the experimenter. There are also no databases of GPN gel images that make it possible to identify their different levels of overexpression, so a methodology was developed that used different chemical forces that exist in proteins interactions and kept the GPN soluble with a high purity that allowed to emulate samples of people with cancer disease to obtain the images of SDS-PAGE gels. A new methodology called Image Profile Based on Segmentation of Binarized Images (IPBSBI) was proposed, this methodology to use a binary mask, with a size of 1x400 pixels to study samples or a size of 1x50 pixels if proteins are sought, binarized and obtained the value of intensity of the pixel at position 255, after going through the entire image, generated an arrangement that plotted, produced a new image profile. The minimums of this new profile were related to the number of samples present into the gel and the maximums detected the number of proteins present in each sample, with this, the molecular weight of the proteins was automatically found together with the lowest and highest overexpression in the different samples. | |
| Instituto Nacional de Astrofísica, Óptica y Electrónica | |
| 2023-01 | |
| Tesis de doctorado | |
| Español | |
| Estudiantes Investigadores Público en general | |
| Juárez Lucero, J. J., (2023), Detección de Bandas de Proteínas de Interés Biológico en Geles de Poliacrilamida, Tesis de Doctorado, Instituto Nacional de Astrofísica, Óptica y Electrónica | |
| OTRAS ESPECIALIDADES MÉDICAS | |
| Versión aceptada | |
| acceptedVersion - Versión aceptada | |
| Aparece en las colecciones: | Doctorado en Ciencias y Tecnologías Biomédicas |
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